Il héberge un capital biologique de haute valeur patrimoniale par la présence de nombreuses espèces de cétacés, particulièrement nombreux en ce périmètre en période estivale.
Il s’agit aussi d’un espace réservé à la concertation pour que l’activité humaine, dont le whale-watching, puisse s’y développer en harmonie avec le milieu naturel.
Le Sanctuaire Pélagos sert ainsi de plate-forme pour des expérimentations et recherches scientifiques. Plus de 8500 espèces macroscopiques y sont recensées et la biodiversité est d’autant plus notable pour la mégaphone marine, c’est-à-dire les cétacés.
Pour sensibiliser le public à la fragilité de ces espèces, et pour donner à chacun la possibilité de les admirer et de les photographier, de nombreux opérateurs formés proposent le Whale-Watching (observation des cétacés).
Le Sanctuaire Pélagos promeut une Charte de bonne conduite et vise à labelliser les opérateurs qui appliquent les termes de cette charte : Ne pas approcher les animaux de trop près, d’assurer la qualité des explications.